Μερικές φορές, λίθοι που σχηματίζονται μέσα στη χοληδόχο κύστη, μπορεί να ακολουθήσουν τη φυσιολογική οδό της χολής, να προωθηθούν στα χολαγγεία και να προκαλέσουν χοληδοχολιθίαση. Κατά προτίμηση, και εφόσον αναγνωριστεί, αυτή αντιμετωπίζεται με ERCP πριν τη διενέργεια χολοκυστεκτομής.
Πιο σπάνια η ERCP διενεργείται μετεγχειρητικά. Η χοληδοχολιθίαση μπορεί να μη διαγνωσθεί προεγχειρητικά, και να προκαλέσει συμπτώματα μετά την επέμβαση, είτε με τη μορφή αποφρακτικού ίκτερου, ή ως άτυπου μετεγχειρτικού πόνου. Σε κάποιες περιπτώσεις η ERCP γίνεται θεραπευτικά για αντιμετώπιση χειρουργικών επιπλοκών τραυματισμού του χοληφόρου δέντρου. Σ αυτή την περίπτωση τοποθετείται εσωτερική παροχέτευση (stent) που αδειάζει τη χολή κατευθείαν στο έντερο, μειώνοντας τη διαφυγή δια του τραυματισμού και επιτρέποντας την επούλωσή του.